У 1941 році з початку Великої Вітчизняної війни велика частина медичних працівників Куп’янської райсанепідстанції пішла на фронт для захисту Батьківщини від гітлерівських загарбників. Робота райсанепідстанції не зупинилась, але обсяг її дещо скоротився, тому що штатні посади повністю не були заповнені ні лікарями, ні середніми медпрацівниками. В цей же час райсанепідстанція позбулася кінного та автотранспорту, який був мобілізований для потреб фронту.

Приміщення райсанепідстанції в 1941 році було частково зруйновано під час авіабомбування, і установу довелося розмістити в будівлі по вулиці Ново-Садовій, 5. Решта будівлі (санпропускник та житловий будинок) залишилася в цілості й після відповідного ремонту була відновлена.

Після звільнення міста від німецької окупації (3 лютого 1943 року) робота Куп’янської райсанепідстанції була відновлена та, в основному, була спрямована на ліквідацію наслідків тимчасової окупації та обслуговування військових контингентів Радянської Армії.

Після закінчення Великої Вітчизняної війни більша частина медичного персоналу повернулася до місця своєї попередньої роботи в райсанепідстанції. В цей період усі організаційні заходи були спрямовані адміністрацією насамперед на укомплектування вільних штатних посад, на забезпечення пересувною санітарною технікою, твердим і м’яким інвентарем, який був під час окупації розграбований.

У це же час була ліквідована Куп’янська міжрайсанстанція, що частково покращило забезпечення райсанстанції інвентарем. Санбаклабораторія, що існувала в складі міжрайсанстанції, також з усім устаткуванням та інвентарем перейшла у райсанепідстанцію.

У 1946 році м. Куп’янськ був виділений в окрему адміністративно-господарську одиницю з безпосереднім його підпорядкуванням Харківському облвиконкому. Куп’янська райсанепідстанція перейшла на бюджет міськради і була перейменована з райсанепідстанції у міськсанепідстанцію. Вона обслуговувала як територію міста Куп’янська, так і Куп’янського району.

Куп’янська міськсанепідстанція оформилася як санепідстанція 1-ї категорії, мала в своєму складі наступні підрозділи:

1. Санітарно-протиепідемічне відділення в складі: завідувача, лікаря-епідеміолога, санітарного лікаря-харчовика, двох помічників епідеміолога, одного помічника санітарного лікаря і санпросвіторганізатора.
2. Санітарно-бактеріологічна лабораторія в складі: завідуючого лабораторією – лікаря, лікаря-бактеріолога, хіміка-лаборанта з вищою освітою та 3-х лаборантів з середньою медичною освітою.
3. Дезінфекційний відділ в складі: завідуючого відділом, середнього медичного працівника, одного дезінструктора і 4-х дезінфекторів, в розпорядженні яких знаходилися склад деззасобів і санітарна техніка, як стаціонарна, так і рухома.

Крім того, в складі міськсанепідстанції в цей час був організований молочно-контрольний пункт для контролю за продажем молочних продуктів на ринку в складі одного лаборанта і пастерівський пункт для проведення антирабічних щеплень зі штатом: 0,5 ставки лікаря та одного середнього медпрацівника.

У такому складі Куп’янська міськсанепідстанція розгорнула велику санітарну та протиепідемічну роботу як в місті Куп’янську, так і в Куп’янському районі, спрямовану на ліквідацію паразитарних тифів, на боротьбу з кишковими інфекціями і профілактику харчових токсикоінфекцій, супроводжуючи це санітарно-просвітницькою роботою, до якої залучався весь лікарський склад міста і села, а також середні медичні працівники.

Проведення санітарно-просвітницької роботи забезпечувалось наочними посібниками з питання профілактики окремих захворювань, а також демонстрацією кінофільмів в міському кіно про окремі інфекційні захворювання.